Ada beberapa permasalahan yang sering terjadi dalam melaksanakan IT Governance di Perusahaan.
Yang paling banyak terjadi yaitu permasalahan change management. Hasil survei terhadap 17 perusahaan periode Juni 2013 – Maret 2014 menunjukkan bahwa permasalahan tersebut mencapai hampir 75%. Kedua terbanyak yaitu permasalahan kurangnya skill, pengetahuan, dan pengertian mengenai IT Governance.
Jelaslah angka di atas dapat menjadi petunjuk perusahaan harus lebih aware terhadap masalah perubahan manajemen dan mencari solusinya.