Faktor penting terakhir dalam bisnis e-Commerce adalah media pembayaran. Pelaku usaha e-Commerce sudah sadar akan potensialnya konsumen yang melakukan pembayaran melalui Internet Payment dan Internet Banking, sehingga mereka menyediakan kedua opsi pembayaran tersebut.
Namun sayang, konsumen lebih memilih sistem pembayaran secara transfer melalui ATM dan Cash on Delivery (CoD) ketimbang melakukan pembayaran melalui internet banking dan internet payment. Padahal jika dibandingkan, pembayaran melalui internet banking dan internet paymen lebih efisien ketimbang transfer atau CoD.